Kebanyakan Muslim di Slovakia adalah pelarian dari Yugoslavia (orang Bosnia dan orang Albania) atau pekerja dari Turki moden (orang Turki dan orang Kurdistan), di samping mereka beberapa para pelajar Arab. Kebanyakan orang Muslim tinggal di ibu negaranya Bratislava, masyarakat-masyarakat lebih kecil juga muncul di Košice dan Martin[perlu rujukan]. Beberapa para pendatang ini menjadi warganegara Slovakia dan tabahan lagi 150 Slovakia memasuki Islam sejak akhirnya Kommunisme (1990) dan kemerdekaan (1993).

Pada masa kini ada empat buat masjid di Slovakia. Pada 2000, sebuah dispute erupted mengenai pembinaan sebuah pusat ISlam di Bratislava: datuk bandar ibu negara menolak such attempts of the Slovak Yayasan Waqaf Islam [perlu rujukan]. Mohamad Safwan Hasan, ketua yayasan tersebut, masih berkahwin dengan seorang isteri mualaf.

The Slovak engagement untuk menyokong AS dalam peperangannya terhadap keganasan dan insurgents di Iraq adalah diperceived oleh Imam Mohamad Safwan Hasan Yayasan Waqaf Islam sebagai neutral, tetapi offensive untuk sesetengah orang, "Ia susah untuk menghakimkan, kerana saya tidak tahu pendapat-pendapat semua. Saya tidak fikir mereka thrilled dengan attitude ini."